ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นตัวกลาง (intermediate) ในการสร้างสารที่มีโครงสร้างเปปไทด์หรือสารประกอบที่มีหมู่อะมิโน นิยมใช้ในขั้นตอนการป้องกันหมู่อะมิโน (amine protection) เนื่องจากหมู่ Boc (tert-butoxycarbonyl) สามารถป้องกันการเกิดปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการได้ และสามารถกำจัดออกได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อนๆ ทำให้เหมาะสมกับการสังเคราะห์แบบขั้นตอนเดียว (stepwise synthesis) โดยเฉพาะในงานวิจัยและพัฒนายาใหม่ที่ต้องการความบริสุทธิ์และประสิทธิภาพสูง