ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ โดยเฉพาะเป็นตัวทำหน้าที่เป็นตัวทำให้เกิดพันธะอะไมด์ในขั้นตอนการสร้างสารตั้งต้นของยา นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อพัฒนาสารที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านจุลชีพ หรือสารยับยั้งเอนไซม์ เนื่องจากหมู่เบนซอยล์คลอไรด์มีความไวในการทำปฏิกิริยากับหมู่อะมิโนและหมู่ไฮดรอกซิล ส่งผลให้สามารถสร้างอนุพันธ์ที่ต้องการได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวกลางในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีหมู่เมทิลซัลโฟนิล ซึ่งพบได้ในสารออกฤทธิ์หลายชนิด