ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาเพื่อสร้างสารตั้งต้นของยาที่มีโครงสร้างพิเพอร์ซีน ซึ่งมักพบในยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านอาการจิตเภท ยาแก้ซึมเศร้า หรือยาต้านมะเร็ง เนื่องจากกลุ่มเบนซอยล์คลอไรด์สามารถทำปฏิกิริยากับสารที่มีหมู่อะมิโนได้ง่าย ทำให้เหมาะสำหรับการสร้างพันธะอะไมด์ในขั้นตอนการสังเคราะห์ยา นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวทำหน้าที่เชื่อม (linker) ในการพัฒนายาแบบ conjugate หรือสารประกอบที่ต้องการนำส่งยาไปยังเป้าหมายเฉพาะในร่างกาย