ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นตัวป้องกันหมู่อะมิโน (amine protecting group) โดยเฉพาะในขั้นตอนการสร้างเปปไทด์แบบแข็ง (solid-phase peptide synthesis) ช่วยป้องกันไม่ให้เกิดปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการระหว่างการสร้างพันธะเปปไทด์ โครงสร้างที่มีหมู่ Boc (tert-butoxycarbonyl) ทำให้สามารถถอดหมู่ป้องกันออกได้อย่างอ่อนโยนด้วยกรด เช่น TFA โดยไม่ทำลายพันธะเปปไทด์หลัก ขณะที่หมู่เอสเตอร์เมธิลสามารถถูกไฮโดรไลซิสภายหลังเพื่อให้ได้กรดคาร์บอกซิลิกอิสระ นิยมใช้ในสังเคราะห์สารชีวภาพที่มีโครงสร้างซับซ้อน เช่น ฮอร์โมนหรือสารยับยั้งเอนไซม์