ไพนาโคลิน ออกไซม์ ถูกใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร มันทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักสำหรับการสังเคราะห์สารประกอบต่างๆ รวมถึงสารกำจัดเชื้อรา สารกำจัดวัชพืช และยาฆ่าแมลง นอกจากนี้ ยังถูกนำไปใช้ในการเตรียมออกไซม์ อีเทอร์ ซึ่งมีคุณค่าในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพที่มีฤทธิ์ ความสามารถในการก่อตัวเป็นคอมเพล็กซ์ที่เสถียรกับโลหะยังทำให้มีประโยชน์ในเคมีวิเคราะห์สำหรับการตรวจจับและแยกไอออนโลหะ ในสภาพแวดล้อมอุตสาหกรรม ไพนาโคลิน ออกไซม์ ถูกนำมาใช้ในการผลิตสารเคมีพิเศษและเป็นสาร стабилизатор ในระบบพอลิเมอร์บางชนิด