ไซโคลเฮปทานอนออกไซม์ มีการประยุกต์ใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนายาเฉพาะ โดยที่กลุ่มฟังก์ชันออกไซม์ของมันสามารถนำมาใช้ในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้นผ่านปฏิกิริยาเช่น การจัดเรียงเบ็คมันน์ (Beckmann rearrangement) สารประกอบนี้ยังถูกใช้ในสถานที่วิจัยสำหรับศึกษากลไกปฏิกิริยาและพัฒนาเส้นทางสังเคราะห์ใหม่ นอกจากนี้ ยังอาจใช้ในการเตรียมสารเคมีเฉพาะทาง รวมถึงโพลิเมอร์และสารเคลือบผิว ซึ่งโครงสร้างของมันช่วยสนับสนุนคุณสมบัติที่ต้องการของผลิตภัณฑ์สุดท้าย