ไซโคลเพนทานอน ออกไซม์ ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ โดยเฉพาะในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร เป็นสารตัวกลางสำคัญในการผลิตยาบางชนิด รวมถึงยาที่มีคุณสมบัติต้านการอักเสบและยาแก้ปวด นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนาสารกำจัดศัตรูพืชและยาฆ่าหญ้า ซึ่งช่วยปกป้องพืชผลจากศัตรูพืชและวัชพืช บทบาทในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ยังขยายไปถึงการสร้างสารเคมีละเอียดและวัสดุพิเศษ ทำให้เป็นส่วนประกอบที่หลากหลายในเคมีอุตสาหกรรม