Phenylthiohydantoin-aspartic acid ใช้หลักๆ ในสาขาชีวเคมีและชีววิทยาระดับโมเลกุลสำหรับการจัดลำดับโปรตีนและการวิเคราะห์กรดอะมิโน โดยมีบทบาทสำคัญในกระบวนการ Edman degradation ซึ่งช่วยในการระบุกรดอะมิโนในโซ่เปปไทด์แบบทีละขั้นตอน ด้วยการตัดกรดอะมิโน N-terminal อย่างเลือกสรรและแปลงเป็นอนุพันธ์ phenylthiohydantoin สารนี้ช่วยในการกำหนดลำดับของโปรตีนด้วยความแม่นยำสูง นอกจากนี้ ยังใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อศึกษากโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน สนับสนุนความก้าวหน้าในการทำความเข้าใจโรคและพัฒนาการแทรกแซงทางการรักษา รวมถึงการสังเคราะห์เปปไทด์และกระบวนการควบคุมคุณภาพสำหรับเภสัชภัณฑ์ที่ขึ้นอยู่กับโปรตีน