Perfluoro-tert-butanol ใช้เป็นหลักเป็นสารตั้งต้นที่หลากหลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมสารประกอบฟลูออรีน คุณสมบัติการดึงดูดอิเล็กตรอนที่แรงทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนาสารเคมีชนิดพิเศษ รวมถึงยาและสารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยเพิ่มความเสถียรและปฏิกิริยา นอกจากนี้ ยังใช้ในการผลิตวัสดุขั้นสูง เช่น พอลิเมอร์ฟลูออรีน ซึ่งนำไปใช้ในสารเคลือบประสิทธิภาพสูงและเมมเบรน เนื่องจากมีความทนทานต่อความร้อน สารเคมี และตัวทำละลาย ในงานวิจัย ทำหน้าที่เป็นสารทำปฏิกิริยาสำหรับศึกษากลไกปฏิกิริยาและเป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน คุณสมบัติที่เป็นเอกลักษณ์ยังทำให้มีประโยชน์ในเคมีวิเคราะห์ในฐานะสาร derivatization เพื่อปรับปรุงความไวในการตรวจจับในก๊าซโครมาโทกราฟีและสเปกโตรเมตรีมวล