ฟลูดีออกโซนิลเป็นสารป้องกันเชื้อราที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในภาคเกษตรกรรมเพื่อปกป้องพืชผลจากโรคเชื้อรา มันถูกนำไปใช้กับเมล็ดพันธุ์ ดิน และใบพืชเพื่อควบคุมเชื้อก่อโรค เช่น Fusarium, Rhizoctonia และ Botrytis ซึ่งอาจส่งผลกระทบรุนแรงต่อผลผลิตและคุณภาพของพืชผล กลไกการทำงานของมันคือการรบกวนความสมบูรณ์ของเยื่อหุ้มเซลล์เชื้อรา ทำให้มีประสิทธิภาพแม้ในความเข้มข้นต่ำ

ในการใช้งานหลังการเก็บเกี่ยว ฟลูดีออกโซนิลถูกใช้เพื่อป้องกันการเน่าเสียและยืดอายุการเก็บรักษาผลไม้และผักโดยยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อราระหว่างการเก็บและขนส่ง มันมีประสิทธิภาพสูงเป็นพิเศษกับองุ่น เชอร์รี่ และผลไม้ตระกูลส้ม

นอกจากนี้ ฟลูดีออกโซนิลยังถูกนำไปใช้ในด้านที่ไม่ใช่เกษตรกรรม เช่น การถนอมไม้และการรักษาเส้นใยสิ่งทอเพื่อป้องกันเชื้อราและราดำ ความเสถียรและความเป็นพิษต่ำต่อสิ่งมีชีวิตที่ไม่ใช่เป้าหมายทำให้มันเป็นตัวเลือกที่ชื่นชอบในโปรแกรมการจัดการศัตรูพืชแบบผสมผสาน