ใช้เมท็อกซีเรดเป็นตัวบ่งชี้กรด-เบสในห้องปฏิบัติการ โดยเปลี่ยนสีจากแดงไปเป็นเหลืองเมื่ออยู่ในสภาวะเบส มักใช้ในการไทเทรตกรดอ่อนกับเบสเข้มข้น เนื่องจากช่วงการเปลี่ยนสีอยู่ที่ประมาณ pH 4.4 ถึง 6.2 จึงเหมาะสำหรับการตรวจสอบจุดยุติของการทำปฏิกิริยาที่มีการเปลี่ยนแปลง pH ในช่วงนี้ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิเคราะห์ทางเคมีเพื่อสังเกตการเปลี่ยนแปลงของความเป็นกรด-เบสในสารละลาย