โบรโมไซเลนอล บลู ใช้เป็นตัวบ่งชี้ pH ในงานปฏิบัติการทางห้องปฏิบัติการต่างๆ โดยเฉพาะในไตเตรทเพื่อกำหนดความเป็นกรดหรือด่างของสารละลาย สีจะเปลี่ยนในช่วง pH 6.0 (เหลือง) ถึง 7.6 (น้ำเงิน) ทำให้เหมาะสำหรับปฏิกิริยาการทำให้เป็นกลาง นอกจากนี้ ยังใช้ในจุลชีววิทยาสำหรับการย้อมสีและระบุโคโลนีของแบคทีเรีย ช่วยในการแยกแยะจุลินทรีย์ ในวิทยาศาสตร์สิ่งแวดล้อม ช่วยตรวจสอบคุณภาพน้ำโดยตรวจจับการเปลี่ยนแปลง pH ในระบบน้ำจืดหรือน้ำทะเล การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงสถานศึกษาเพื่อสอนแนวคิดเคมีพื้นฐานที่เกี่ยวข้องกับ pH และตัวบ่งชี้