ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิตยาเภสัชกรรม ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างสารประกอบเบสซัลโฟนาไมด์ ซึ่งพบได้บ่อยในการพัฒนายา โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันแบบเลือกได้ ทำให้มีคุณค่าสำหรับการเตรียมโมเลกุลชีวภาพและสารประกอบเฮเทอโรไซคลิก ใช้กันทั่วไปในปฏิกิริยาที่เกี่ยวข้องกับการแทนที่นิวคลีโอฟิลิกเนื่องจากกลุ่มทอซิลที่ถูกกระตุ้น นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์ตัวยับยั้งคินาสและยารักษาโรคอื่นๆ โดยที่วงแหวนมอร์โฟลีนช่วยเพิ่มความละลายและคุณสมบัติการจับคู่