(2,5-Dimethoxybenzyl)hydrazine hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์และการวิจัยทางเภสัชศาสตร์ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการเตรียมสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหลากหลาย โดยเฉพาะสารที่มีศักยภาพในการรักษา สารนี้มักใช้ในการสังเคราะห์อนุพันธ์ไฮดราซอน ซึ่งถูกสำรวจคุณสมบัติทางเภสัชวิทยา เช่น กิจกรรมต้านจุลินทรีย์ ต้านมะเร็ง และต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาโพรบทางเคมีและลิแกนด์สำหรับศึกษากลไกเอนไซม์และปฏิกิริยารับเซพเตอร์ ทำให้มีคุณค่าในการค้นพบยาและการวิจัยทางชีวเคมี บทบาทในการสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนยังช่วยส่งเสริมความก้าวหน้าทางเคมีเภสัชวิทยาด้วย