(S)-But-3-yn-2-amine hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ในฐานะบล็อกสร้างแบบ chiral (chiral building block) โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่ต้องการสเตอรีโอเคมี (stereochemistry) เฉพาะเจาะจงเพื่อประสิทธิภาพ สารประกอบนี้มักถูกนำมาใช้ในกระบวนการสังเคราะห์แบบไม่สมมาตร (asymmetric synthesis) เพื่อสร้างสารบริสุทธิ์ทางเอนานติโอเมอร์ (enantiomerically pure) ซึ่งมีความสำคัญยิ่งในการผลิตส่วนประกอบยาสำคัญ (active pharmaceutical ingredients: APIs) นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการสังเคราะห์สารที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ (biologically active compounds) รวมถึงสารที่มีศักยภาพในการรักษา (therapeutic effects) สำหรับโรคทางระบบประสาท (neurological) และจิตเวช (psychiatric disorders) ประโยชน์ของมันในเคมียา (medicinal chemistry) ยังถูกเน้นย้ำด้วยบทบาทในการเตรียมสารประกอบที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์ (enzymes) หรือตัวรับ (receptors) เฉพาะเจาะจง ซึ่งช่วยในการค้นพบยาใหม่