เบเพอริดิไอโอไดด์ใช้หลัก ๆ ในสถานพยาบาลในฐานะยาต้านโคลินเออร์จิก มักใช้จัดการภาวะที่เกี่ยวข้องกับกิจกรรมอะเซทิลโคลีนมากเกินไป เช่น อาการเกร็งในทางเดินอาหาร แผลในกระเพาะอาหาร และบางประเภทของการวางยาพิษ นอกจากนี้ ยังสามารถใช้ในสถานการณ์ก่อนการผ่าตัดเพื่อลดน้ำลายและการหลั่งในหลอดลม ทำให้กระบวนการวางยาสลบปลอดภัยและควบคุมได้ดีขึ้น ความสามารถในการผ่อนคลายกล้ามเนื้อเรียบทำให้มีคุณค่าในการรักษาการกลั้นปัสสาวะไม่ได้และโรคอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับกระเพาะปัสสาวะ ในจักษุวิทยา บางครั้งใช้เพื่อขยายรูม่านตาระหว่างการตรวจตาหรือการผ่าตัดตา