ใช้ไคโตซานในหลายด้าน เช่น ในอุตสาหกรรมการแพทย์ ใช้ทำแผลเพราะช่วยหยุดเลือดและส่งเสริมการหายของแผล ช่วยป้องกันการติดเชื้อเนื่องจากมีคุณสมบัติต้านจุลชีพ

ในอุตสาหกรรมอาหาร ใช้เป็นสารกันบูดตามธรรมชาติ ช่วยยืดอายุการเก็บรักษาอาหาร โดยการเคลือบผิวผลไม้หรือผักเพื่อลดการเสื่อมสภาพ

ในด้านสิ่งแวดล้อม ใช้ไคโตซานในการบำบัดน้ำเสีย เพราะสามารถจับกับอนุภาคสิ่งสกปรกและโลหะหนัก ทำให้แยกออกจากน้ำได้ง่าย

นอกจากนี้ยังใช้ในเกษตรกรรมเป็นสารเคลือบเมล็ดพันธุ์หรือใช้พ่นพืช เพื่อกระตุ้นระบบภูมิคุ้มกันของพืชให้ต้านทานโรคได้ดีขึ้น

ใช้ในระบบการส่งยาเนื่องจากมีคุณสมบัติยึดเกาะกับเมือกและควบคุมการปล่อยยา มีประโยชน์โดยเฉพาะในการส่งยาทางปาก จมูก และตา ช่วยเพิ่มการดูดซึมของยาที่ละลายน้ำได้ยาก

พบในสูตรเครื่องสำอางเนื่องจากคุณสมบัติการสร้างฟิล์มและให้ความชุ่มชื้น ช่วยสร้างเกราะป้องกันบนผิวหนังและเส้นผม เพิ่มความชุ่มชื้นและปรับปรุงเนื้อสัมผัส