cidofovir ใช้เป็นยาต้านไวรัส โดยเฉพาะสำหรับรักษาการติดเชื้อไวรัสไซโตเมกาโลไวรัส (CMV) ซึ่งมักเกิดในผู้ป่วยที่มีภูมิคุ้มกันต่ำ เช่น ผู้ป่วยโรคเอดส์ มักใช้รักษา CMV retinitis เมื่อการรักษาอื่นไม่เหมาะสม ซึ่งอาจนำไปสู่การสูญเสียการมองเห็นได้

ยา cidofovir ออกฤทธิ์โดยยับยั้งการจำลองตัวของดีเอ็นเอของไวรัส ทำให้ไวรัสไม่สามารถแพร่พันธุ์ได้ มีฤทธิ์ต้านไวรัสดีเอ็นเอหลายชนิด เช่น herpesviruses, adenoviruses และ poxviruses มีการศึกษาการใช้ในรักษาการติดเชื้อจากไวรัสดื้อยา และใช้แบบ off-label ในกรณีรุนแรงของ adenovirus หรือ BK virus ในผู้รับการปลูกถ่ายอวัยวะ สามารถใช้ทางหลอดเลือดดำหรือรูปแบบเฉพาะที่ เช่น หยดตา หรือ topical สำหรับรักษาหูดที่ดื้อต่อการรักษาจาก human papillomavirus (HPV)

ยามี half-life ในเซลล์นาน ช่วยให้ให้ยาไม่บ่อย แต่ nephrotoxicity จำกัดการใช้และต้องเฝ้าระวังอย่างใกล้ชิด