สารนี้ใช้เป็นตัวติดตามในงานวิจัยชีวเคมี โดยเฉพาะในการศึกษากระบวนการส่งสัญญาณของเซลล์ เนื่องจากมีโครงสร้างที่เลียนแบบฟอสโฟลิปิดธรรมชาติ ซึ่งมีบทบาทสำคัญในเยื่อหุ้มเซลล์ ทำให้สามารถใช้ติดตามการเคลื่อนที่และการโต้ตอบของลิปิดภายในเซลล์ได้อย่างแม่นยำ ด้วยคุณสมบัติการเรืองแสงสูงจากกลุ่มดิพิร์โรมีธีนบอรองไดฟลูออไรด์ สารนี้จึงเหมาะสำหรับการถ่ายภาพจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนซ์ โดยเฉพาะในงานวิจัยที่ต้องการติดตามการเปลี่ยนแปลงของฟอสโฟอินอไซด์ในสภาวะจริง (real-time imaging) ภายในเซลล์ที่มีชีวิต