Diethyl 2-fluorobenzylphosphonate ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำคัญสำหรับการเตรียมสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เอสเทอร์ฟอสโฟเนต ซึ่งสำคัญในเคมียารักษาโรคสำหรับพัฒนายับยั้งเอนไซม์และยาต้านไวรัส สารประกอบนี้ยังใช้ในการสร้างสารประกอบอะโรมาติกฟลูออรีน ซึ่งใช้กันอย่างแพร่หลายในเภสัชกรรมและเคมีเกษตรเนื่องจากความเสถียรและชีวเภสัชจลนศาสตร์ที่เพิ่มขึ้น นอกจากนี้ ยังเป็นบล็อกก่อสร้างในการผลิตลิแกนด์สำหรับการเร่งปฏิกิริยา ช่วยในการพัฒนาระบบเร่งปฏิกิริยาที่มีประสิทธิภาพสำหรับการแปลงสารเคมี โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครช่วยให้สามารถนำอะตอมฟลูออรีนเข้าไปในโมเลกุลเป้าหมาย ซึ่งสามารถเปลี่ยนแปลงคุณสมบัติทางเคมีและกายภาพได้อย่างมีนัยสำคัญ