ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในเภสัชกรรมและเกษตรเคมี กลุ่มฟอสโฟเนตช่วยในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์ โดยเฉพาะเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการไฮโดรไลซิสของเอสเตอร์ฟอสเฟต นิยมใช้ในการเตรียมอนุพันธ์ของกรดอะมิโนและนิวคลีโอไทด์ ซึ่งมีศักยภาพในงานวิจัยต้านไวรัสและต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังใช้ในเคมีเชิงประสานเป็นลิแกนด์สำหรับคอมเพล็กซ์โลหะ เนื่องจากมีกลุ่มอะมีนและฟอสโฟเนต คุณสมบัติสองหน้าที่ช่วยให้มีปฏิกิริยาที่หลากหลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ รวมถึงการใช้ในตัวเร่งปฏิกิริยาและการประยุกต์ศาสตร์ทางวัสดุ