Triethyl 2-fluoro-2-phosphonoacetate ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารตั้งต้นสำคัญสำหรับการเตรียมสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพหลากหลาย โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครซึ่งมีทั้งกลุ่มฟอสโฟเนตและกลุ่มฟลูออโร ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายับยั้งเอนไซม์ โดยเฉพาะที่เล็งเป้าไปยังเส้นทางเมแทบอลิซึม มักใช้ในการสังเคราะห์อนุพันธ์ฟลูออรีนของผลิตภัณฑ์จากธรรมชาติ ซึ่งสามารถแสดงความเสถียรและกิจกรรมที่เพิ่มขึ้น นอกจากนี้ สารประกอบนี้ยังใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร โดยซึ่งส่วนฟลูออรีนฟอสโฟเนตช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง บทบาทในเคมียารักษาโรคก็สำคัญเช่นกัน เนื่องจากช่วยในการสร้างผู้สมัครยาที่มีคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ที่ดีขึ้น