ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบออร์กาโนฟอสฟอรัส โดยเฉพาะในเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร โครงสร้างของมันช่วยในการนำกลุ่มฟอสโฟเนตเข้าไปในโมเลกุลขนาดใหญ่ เพิ่มความเสถียรและการดูดซึมทางชีวภาพ ใช้อย่างแพร่หลายในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์ เนื่องจากสามารถเลียนแบบเอสเทอร์ฟอสเฟตในเส้นทางเมแทบอลิซึม นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อปรับโครงสร้างเปปไทด์และนิวคลีโอไทด์ โดยซึ่งกลุ่มอะเซทามิโดเมทิลทำหน้าที่เป็นสารป้องกัน ในขณะที่กรดฟอสฟอนิกให้ความละลายในน้ำและความสามารถในการจับติด