กรด 2,3,4,5,6-เพนตาฟลูออโรเบนซิลฟอสโฟนิก ใช้หลักๆ ในงานสังเคราะห์อินทรีย์และวิทยาศาสตร์วัสดุ โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครทำให้มีคุณค่าในการปรับเปลี่ยนพื้นผิว โดยเฉพาะในการพัฒนาเคลือบและฟิล์มขั้นสูง สารนี้มักใช้เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างวัสดุฐานฟอสโฟเนต ซึ่งเป็นที่รู้จักในด้านความเสถียรและความต้านทานต่อสภาวะรุนแรง นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการเตรียมกรอบโลหะ-อินทรีย์ (MOFs) และวัสดุพรุนอื่นๆ ซึ่งช่วยในการปรับแต่งคุณสมบัติสำหรับการใช้งานเฉพาะ เช่น การเก็บก๊าซหรือการเร่งปฏิกิริยา กลุ่มเพนตาฟลูออโรเบนซิลเพิ่มความตอบสนอง ทำให้มีประโยชน์ในการทำปฏิกิริยาคัปปลิ้งและเป็นลิแกนด์ในเคมีเชิงประสาน