N-(Trifluoromethylthio)phthalimide ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการผลิตสารกำจัดเชื้อราและสารกำจัดวัชพืช มันทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำหรับการนำกลุ่ม trifluoromethylthio เข้าสู่โมเลกุลอินทรีย์ เพื่อเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเภสัชกรรมสำหรับพัฒนาสารประกอบที่มีคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ ความสามารถในการทำปฏิกิริยาของมันทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับการสร้างสารเคมีเฉพาะทางที่มีคุณสมบัติพิเศษ