ไพเพอราซีน-2-คาร์โบนิไตรด์ ไดไฮโดรคลอไรด์ ถูกนำมาใช้หลักๆ ในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการเตรียมสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางเภสัชวิทยาต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสารที่มุ่งเป้าไปที่ความผิดปกติทางระบบประสาทและจิตเวช โครงสร้างของมันมักถูกนำเข้าไปในโมเลกุลที่ออกแบบมาเพื่อโต้ตอบกับตัวรับในระบบประสาทส่วนกลาง ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายา เช่น ยาต้านอาการหลอนประสาท ยากล่อมประสาท และยาลดความวิตกกังวล นอกจากนี้ สารประกอบนี้ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิก ซึ่งถูกสำรวจอย่างกว้างขวางสำหรับการประยุกต์ใช้ทางบำบัดที่อาจเกิดขึ้นในการรักษาการติดเชื้อ มะเร็ง และโรคอักเสบ ความหลากหลายและปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นส่วนประกอบที่สำคัญในเคมียารักษาและกระบวนการค้นพบยา