ไพเพอราซีนถูกใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมยาในฐานะยาถ่ายพยาธิที่มีประสิทธิภาพในการรักษาการติดเชื้อพยาธิ เช่น พยาธิตัวกลมและพยาธิเส้นด้าย ในมนุษย์และสัตว์ มันทำงานโดยการทำให้พยาธิเป็นอัมพาต อนุญาตให้พยาธิถูกขับออกจากร่างกายผ่านทางอุจจาระ นอกจากนี้ยังใช้ในการรักษาโรคติดเชื้อทางเดินปัสสาวะบางชนิด และทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาต่างๆ รวมถึงยาต้านฮิสตามีน ยารักษาโรคจิต และสารเคมีทางการเกษตร ในอุตสาหกรรมเคมี ไพเพอราซีนถูกใช้เป็นสารยับยั้งการกัดกร่อน และในการผลิตโพลิเมอร์ พลาสติก และเรซิน นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในปฏิกิริยาอินทรีย์บางชนิด เพิ่มประสิทธิภาพในกระบวนการผลิต