4-Methyl-1-piperazinecarbonyl chloride hydrochloride ใช้หลักในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารเคมีสำคัญสำหรับการนำหมู่ 4-methylpiperazin-1-ylcarbonyl เข้าสู่โมเลกุลต่าง ๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมสำหรับการพัฒนายา รวมถึงยาต้านอาการประสาทหลอนและยารักษาอื่น ๆ ความไวต่อปฏิกิริยาของมันกับอะมีนและแอลกอฮอล์ทำให้มีประโยชน์ในการสร้างพันธะยูเรียและคาร์บาเมต เพิ่มความหลากหลายทางโครงสร้างของยาที่มีศักยภาพ นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการปรับเปลี่ยนเปปไทด์และโปรตีน สนับสนุนการศึกษากลไกชีวเคมีและกระบวนการค้นพบยา