ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ที่ต้องการโครงสร้าง aminoalkylpiperidine ที่ได้รับการป้องกัน หมู่ amine ที่ป้องกันด้วย Boc ช่วยให้สามารถถอดการป้องกันอย่างเลือกเฉพาะและทำการปรับแต่งเพิ่มเติม ทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์อินทรีย์หลายขั้นตอน ใช้บ่อยในการเตรียมโมเลกุลชีวภาพที่ใช้งานได้ รวมถึงตัวแทนระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) และตัวปรับตัวรับ เนื่องจากโครงสร้างพิเพอริดีนมีความชุกในออกแบบยา หมู่เมทิลเทอร์เชียรีสามารถมีอิทธิพลต่อความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสัมพันธ์ในการจับ ช่วยเพิ่มคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ในสารประกอบสุดท้าย เหมาะสำหรับใช้ในเคมีคอมบิเนตอเรียลและการวิจัยเคมียารักษาเพื่อสร้างห้องสมุดโครงสร้างที่หลากหลาย โดยเฉพาะยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้า ยาแก้ปวด หรือยาต้านอาการวิตกกังวล โครงสร้างที่มีหมู่ Boc ช่วยป้องกันไนโตรเจนไม่ให้ทำปฏิกิริยาก่อนเวลาอันควร ทำให้สามารถควบคุมการสังเคราะห์ได้อย่างแม่นยำในขั้นตอนต่อไป