3-Methylpiperidin-3-ol ใช้ในงานวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่าง ๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสารที่มุ่งเป้าไปที่ความผิดปกติทางระบบประสาท โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการพัฒนายาที่ปรับเปลี่ยนระบบประสาทสื่อสาร เช่น ตัวรับโดพามีนและเซโรโทนิน นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในงานสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ ความหลากหลายของมันยังขยายไปถึงงานวิจัยเกษตรเคมี ซึ่งช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ ๆ