3,6-Difluorophthalic Anhydride ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์โพลิเมอร์และเรซินที่มีคุณสมบัติพิเศษ เช่น ความทนทานต่อความร้อนและสารเคมี มักนำไปใช้ในการผลิตวัสดุอิเล็กทรอนิกส์ เช่น ฟิล์มฉนวนและสารเคลือบป้องกัน นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมยาสำหรับการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีโครงสร้างเฉพาะเจาะจง ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของยาในด้านความเสถียรและความสามารถในการละลาย