Protoporphyrin IX dimethyl ester ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวเคมีและการประยุกต์ทางการแพทย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ฮีม ซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญของฮีโมโกลบินที่จำเป็นสำหรับการขนส่งออกซิเจนในเลือด ในโฟโตไดนามิกเทอราพี (Photodynamic Therapy) มันถูกใช้เป็นสารช่วยให้เกิดการทำปฏิกิริยาด้วยแสงเพื่อกำหนดเป้าหมายและทำลายเซลล์มะเร็งเมื่อถูกกระตุ้นด้วยคลื่นแสงเฉพาะ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับการเมแทบอลิซึมของพอร์ฟิรินและโรคที่เกี่ยวข้อง เช่น พอร์ฟีเรีย บทบาทของมันในการทำความเข้าใจกระบวนการสังเคราะห์คลอโรฟิลล์ในพืชยังทำให้มีคุณค่าในการวิจัยด้านการเกษตร