โมซาไพรด์ ซิเตรต ใช้หลักในการเป็นยาที่ช่วยกระตุ้นการเคลื่อนไหวของทางเดินอาหาร (gastrointestinal prokinetic agent) เพื่อรักษาอาการผิดปกติของระบบย่อยอาหารต่างๆ โดยมักสั่งจ่ายเพื่อบรรเทาอาการของโรคกระเพาะอาหารอักเสบชนิด 기능성 (functional dyspepsia) เช่น ท้องอืด คลื่นไส้ และอึดอัดที่ท้อง โดยช่วยเพิ่มการเคลื่อนไหวของกระเพาะอาหารและเร่งการระบายอาหาร นอกจากนี้ยังมีประสิทธิภาพในการจัดการโรคกรดไหลย้อน (GERD) โดยปรับปรุงการเคลียร์ของหลอดอาหารและลดการไหลย้อนของกรด โมซาไพรด์ ซิเตรต ยังใช้ในกรณีของโรคกระเพาะลีบ (gastroparesis) ซึ่งเป็นภาวะที่กระเพาะอาหารระบายช้า เพื่อฟื้นฟูการทำงานของระบบย่อยอาหารให้ปกติ การออกฤทธิ์แบบเลือกสรรต่อตัวรับเซโรโทนินในลำไส้ช่วยให้มีผลข้างเคียงน้อย ทำให้เป็นตัวเลือกที่เชื่อถือได้สำหรับการจัดการระยะยาวของภาวะทางเดินอาหารเรื้อรัง