E3 ligase Ligand-Linker Conjugates 39 ถูกนำมาใช้เป็นหลักในการวิจัยทางชีววิทยาเคมีและการค้นพบยา โดยเฉพาะในกระบวนการโปรตีโอไลซิสที่กำหนดเป้าหมาย (Targeted Protein Degradation) ซึ่งเป็นเทคนิคที่กำลังได้รับความสนใจในการพัฒนายารักษาโรค สารเหล่านี้มีบทบาทสำคัญในการออกแบบ Proteolysis-Targeting Chimeras (PROTACs) ซึ่งเป็นโมเลกุล bifunctional ที่ดึงดูด E3 ubiquitin ligases ไปยังโปรตีนเป้าหมายเฉพาะ ทำให้โปรตีนเหล่านั้นถูกทำเครื่องหมายสำหรับการย่อยสลายโดย proteasome เทคโนโลยีนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการกำหนดเป้าหมายโปรตีนที่ถือว่า "undruggable" ตามแบบดั้งเดิม เช่น โปรตีนที่ขาดกิจกรรมทางเอนไซม์หรือช่องจับที่ชัดเจน

โดยการทำให้เกิดการย่อยสลายโปรตีนที่ก่อให้เกิดโรคอย่างเลือกสรร E3 ligase Ligand-Linker Conjugates 39 ช่วยในการพัฒนาการรักษาใหม่สำหรับมะเร็ง โรคทางระบบประสาทเสื่อม และภาวะอื่นๆ ที่ขับเคลื่อนโดยการทำงานของโปรตีนที่ผิดปกติ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การวิจัยทางชีววิทยาเคมี ที่ซึ่งใช้ในการศึกษาฟังก์ชันของโปรตีนและตรวจสอบเป้าหมายการรักษา