FMK ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวเคมีในฐานะตัวยับยั้งเอนไซม์ protease ที่ไม่สามารถย้อนกลับได้ (irreversible inhibitor) โดยมีคุณค่าอย่างยิ่งในการศึกษาเกี่ยวกับกลไกและเส้นทางของเอนไซม์ เนื่องจากสามารถก่อตัวพันธะโคเวเลนต์กับสารตกค้างในตำแหน่ง active site ทำให้บล็อกกิจกรรมของเอนไซม์ได้อย่างมีประสิทธิภาพ คุณสมบัตินี้ทำให้ FMK เป็นเครื่องมือสำคัญในการระบุและจำแนกหน้าที่ของ protease ในกระบวนการชีวภาพต่างๆ เช่น apoptosis, inflammation และการย่อยสลายโปรตีน นอกจากนี้ โพรบที่อิงจาก FMK ยังถูกใช้ในเทคนิค activity-based protein profiling (ABPP) เพื่อทำแผนที่กิจกรรมของ protease ในระบบชีวภาพที่ซับซ้อน สนับสนุนการค้นพบยาและการพัฒนาการบำบัดแบบเฉพาะเจาะจง การประยุกต์ใช้ยังครอบคลุมการศึกษา protease ของไวรัส ซึ่งช่วยในการเข้าใจกระบวนการจำลองตัวของไวรัสและการออกแบบยาต้านไวรัส