อะเซทิล-เปปสแตทินถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวเคมีในฐานะสารยับยั้ง aspartic proteases ที่มีประสิทธิภาพสูง รวมถึงเปปซิน แคธีปซิน D และเรนิน การประยุกต์ใช้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการศึกษาบทบาทของเอนไซม์เหล่านี้ในกระบวนการชีวภาพต่างๆ เช่น การย่อยสลายโปรตีนและเส้นทางการส่งสัญญาณของเซลล์ นักวิจัยใช้อะเซทิล-เปปสแตทินเพื่อยับยั้งกิจกรรมของโปรตีเอสในระบบทดลอง สามารถตรวจสอบการทำงานของเอนไซม์และพัฒนากลยุทธ์การรักษาโรคที่เกี่ยวข้องกับโปรตีเอส นอกจากนี้ ยังใช้ในกระบวนการชำระโปรตีนเพื่อป้องกันการย่อยโปรตีนที่ไม่ต้องการ รับประกันความสมบูรณ์ของโปรตีนระหว่างการแยกและวิเคราะห์ ความจำเพาะและประสิทธิภาพทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในเอนไซมวิทยาและการวิจัยค้นพบยา