Carboxypeptidase B ถูกใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมชีวเทคโนโลยีและเภสัชกรรมสำหรับการแปรรูปโปรตีนรีคอมบิแนนต์ มีบทบาทสำคัญในการกำจัดกรดอะมิโนไลซีนและอาร์จินีนที่ปลาย C-terminal ของโปรตีน ซึ่งจำเป็นต่อการทำให้โปรตีนบำบัดมีเอกภาพ เช่น อินซูลินและแอนติบอดีส์โมโนโคลนอล เอนไซม์นี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการผลิต biosimilars และ biologics เพื่อให้ผลิตภัณฑ์สุดท้ายตรงตามมาตรฐานคุณภาพและประสิทธิภาพที่เข้มงวด นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษากโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน ช่วยในการพัฒนายาชีวภาพใหม่ ความจำเพาะและประสิทธิภาพทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในวิศวกรรมโปรตีนและกระบวนการทำให้บริสุทธิ์