โปรตีเนส K ใช้อย่างแพร่หลายในชีววิทยาโมเลกุลเนื่องจากความสามารถในการย่อยสลายโปรตีนและกำจัดสารปนเปื้อนจากตัวอย่างกรดนิวคลีอิก โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีประสิทธิภาพในการย่อยสลายเอนไซม์นิวคลีเอสที่อาจทำลาย DNA หรือ RNA ระหว่างการสกัด เพื่อให้ได้สารพันธุกรรมคุณภาพสูงสำหรับการใช้งานต่อเนื่อง เช่น PCR การจัดลำดับลำดับ และการโคลน ในฮิสโตโลจี ใช้สำหรับการกู้คืนแอนติเจน เพื่อเพิ่มการตรวจจับโปรตีนในตัวอย่างเนื้อเยื่อโดยการเปิดเผย epitope นอกจากนี้ ยังใช้ในการเตรียมตัวอย่างสำหรับสเปกโตรเมตรีมวลสาร โดยช่วยในการย่อยโปรตีนเพื่อการวิเคราะห์เปปไทด์ กิจกรรมที่แข็งแกร่งในสารทำให้สูญเสียโครงสร้าง เช่น SDS ทำให้เป็นเครื่องมือที่หลากหลายในโปรโตคอลชีวเคมีและการวินิจฉัยต่างๆ