Boc-3-(2-naphthyl)-D-alanine เป็นสารเคมีที่ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีน โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นเทคนิคที่ใช้ในการสร้างเปปไทด์แบบขั้นตอนต่อขั้นตอน สารนี้ทำหน้าที่เป็นหน่วยสร้าง (building block) ที่ช่วยในการป้องกันกลุ่มฟังก์ชันบางส่วนระหว่างการสังเคราะห์ ทำให้สามารถควบคุมการเกิดปฏิกิริยาได้แม่นยำมากขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาและกลไกทางชีวเคมี รวมถึงการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีโครงสร้างซับซ้อน