Boc-4-Iodo-L-phenylalanine ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีน โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งกลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่ฟังก์ชันลของกรดอะมิโนในระหว่างการสังเคราะห์ นอกจากนี้ หมู่ไอโอโดที่ตำแหน่งพาราบนวงแหวนฟีนิลยังช่วยอำนวยความสะดวกในการทำปฏิกิริยาครอสคัปปลิง เช่น ปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura หรือปฏิกิริยา Heck เพื่อสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ซึ่งเป็นประโยชน์ในการสร้างโมเลกุลที่มีความซับซ้อนมากขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาด้านเภสัชวิทยาและชีวเคมี เพื่อพัฒนาสารประกอบใหม่ที่มีศักยภาพในการรักษาโรค