ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นบล็อกก่อสร้าง โดยเฉพาะสำหรับการนำเข้าส่วนของ phenylalanine ที่ถูกดัดแปลงด้วยฟลูออรีนเข้าไปในโซ่เปปไทด์ มีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการออกแบบและสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหรือความเสถียรที่เพิ่มขึ้น การแทนที่ด้วยฟลูออรีนสามารถมีอิทธิพลต่อการโต้ตอบของเปปไทด์กับเป้าหมายทางชีวภาพ ทำให้มีประโยชน์ในการค้นพบและพัฒนายา นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษาการโต้ตอบระหว่างเอนไซม์-ซับสเตรตและการจับกับตัวรับเนื่องจากคุณสมบัติโครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ กลุ่มป้องกัน Boc ช่วยให้สามารถถอดป้องกันได้อย่างเลือก性ในกระบวนการสังเคราะห์หลายขั้นตอน