Boc-D-Alanine Methyl Ester ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะกลุ่มป้องกันสำหรับกรดอะมิโน กลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ปกป้องความสามารถของกลุ่มอะมิโนในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ เพื่อให้มั่นใจในการทำปฏิกิริยาที่เลือกเฉพาะที่ไซต์อื่นๆ สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการผลิตเปปไทด์และโปรตีนที่ซับซ้อน ซึ่งการควบคุมลำดับกรดอะมิโนอย่างแม่นยำเป็นสิ่งสำคัญ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสร้างยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์ซึ่งต้องการความบริสุทธิ์และความจำเพาะสูง นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการวิจัยเคมีอินทรีย์สำหรับการสังเคราะห์กรดอะมิโนที่ถูกดัดแปลงและการสำรวจโครงสร้างเปปไทด์ใหม่ ความเสถียรและความง่ายในการกำจัดภายใต้สภาวะกรดอ่อนทำให้เป็นตัวเลือกที่ต้องการในแอปพลิเคชันชีวเคมีต่างๆ