Fmoc-3-(1-naphthyl)-D-alanine เป็นสารเคมีเฉพาะทางที่ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในวิธีการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (solid-phase peptide synthesis, SPPS) กลุ่ม Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับกรดอะมิโนในกระบวนการสังเคราะห์ เพื่อให้เกิดการถอดกลุ่มป้องกันและการจับคู่ที่เลือกสรรได้ โครงสร้างข้าง 1-naphthyl นำเสนอคุณสมบัติหอมและ hydrophobic ทำให้มีคุณค่ากในการออกแบบเปปไทด์ที่มีโครงสร้างและคุณสมบัติเฉพาะ สารนี้มักใช้ในการพัฒนา peptidomimetics, ยับยั้งเอนไซม์, และเปปไทด์ชีวภาพสำหรับการวิจัยทางเภสัชกรรม โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครช่วยในการสำรวจปฏิกิริยาระหว่างกับโปรตีนและชีวโมเลกุลอื่นๆ สนับสนุนการค้นพบยาและการศึกษากลไกทางชีววิทยา นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์วัสดุฐานเปปไทด์สำหรับการประยุกต์ใช้ในเทคโนโลยีชีวภาพและนาโนเทคโนโลยี