Fmoc-L-β-Homoasparagine นิยมใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ Solid-phase peptide synthesis (SPPS) เนื่องจากกลุ่ม Fmoc ที่มีอยู่ช่วยในการป้องกันกลุ่มฟังก์ชันระหว่างการสังเคราะห์ และสามารถกำจัดออกได้ง่ายเมื่อสิ้นสุดกระบวนการ นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีของเปปไทด์และโปรตีน รวมถึงการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ของมันสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของโมเลกุลเป้าหมายได้