Fmoc-Pro-OH ถูกใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบโซลิดเฟส โดยเฉพาะในการป้องกันกลุ่มฟังก์ชันของกรดอะมิโนโพรลีน ในขั้นตอนของการสร้างเปปไทด์ กลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันที่สามารถกำจัดออกได้ง่ายโดยใช้เบส เช่น ไพเพอริดีน ทำให้สามารถควบคุมลำดับของกรดอะมิโนในเปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชวิทยา เพื่อพัฒนายาและสารชีวโมเลกุลใหม่ ๆ ที่มีประสิทธิภาพสูง