Fmoc-Trp-OPfp ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) เนื่องจากกลุ่ม Fmoc ช่วยในการป้องกันกลุ่มเอมีนชั่วคราว ในขณะที่กลุ่ม OPfp ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการเกิดปฏิกิริยาเอสเทอริฟิเคชันกับกรดอะมิโนอื่น ๆ ทำให้กระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์มีความแม่นยำและรวดเร็วมากขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยทางเคมีชีวภาพเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกการทำงานของโปรตีนและเปปไทด์