Fmoc-Trp-OPfp ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นตัวป้องกัน (protecting group) สำหรับทริปโตเฟน (tryptophan) กลุ่ม Fmoc ช่วยให้เกิดการถอดป้องกันแบบเลือก性 (selective deprotection) ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (solid-phase peptide synthesis: SPPS) ในขณะที่เอสเทอร์ OPfp ช่วยเพิ่มปฏิกิริยาในขั้นตอนการจับคู่ (coupling reactions) สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีนที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในงานวิจัยและพัฒนายาในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการผลิตเปปไทด์ชีวภาพ (bioactive peptides) ซึ่งต้องการการควบคุมการนำกรดอะมิโนเข้าไปอย่างแม่นยำ นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์ยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์และสารรักษา สนับสนุนความก้าวหน้าทางการแพทย์และเทคโนโลยีชีวภาพ