Fmoc-N-Methyl-L-tryptophan ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในการใช้เป็นหน่วยสร้างในเทคนิค Solid-phase peptide synthesis (SPPS) เนื่องจากกลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ที่ติดอยู่ช่วยในการป้องกันกลุ่มฟังก์ชันของกรดอะมิโนระหว่างการสังเคราะห์ และสามารถกำจัดออกได้ง่ายในขั้นตอนสุดท้าย นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาและกลไกทางชีวเคมี รวมถึงการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทและพฤติกรรม เนื่องจากโครงสร้างของทริปโตเฟนที่มีวงแหวนอินโดลซึ่งมีความสำคัญทางชีวภาพ