FMOC-D-SER(BZL)-OH ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นเทคนิคที่ใช้ในการสร้างสายเปปไทด์อย่างแม่นยำ กลุ่ม FMOC (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่อะมิโน ในขณะที่หมู่ BZL (Benzyl) ปกป้องหมู่ไฮดรอกซิลของซีรีน การใช้สารนี้ช่วยให้สามารถควบคุมการสร้างพันธะเปปไทด์ได้อย่างมีประสิทธิภาพ และลดการเกิดปฏิกิริยาข้างเคียงที่ไม่ต้องการ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยทางเคมีชีวภาพเพื่อศึกษากลไกการทำงานของโปรตีนและเอนไซม์อีกด้วย