Fmoc-S-3-amino-5-hexynic acid ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน (SPPS) กลุ่มปกป้อง Fmoc ช่วยให้สามารถถอดการปกป้องได้อย่างเลือกสรร ส่งผลให้สามารถประกอบเปปไทด์แบบต่อเนื่องได้ กลุ่มฟังก์ชันอัลไคน์ในโมเลกุลมีคุณค่าต่อการประยุกต์ใช้เคมีคลิก เช่น การ cycloaddition ของ azide-alkyne ที่เร่งด้วยทองแดง (CuAAC) ซึ่งใช้ในการเชื่อมต่อเปปไทด์กับชีวโมเลกุลอื่นๆ หรือกลุ่มฟังก์ชันอื่นๆ สารนี้ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนายา 기반เปปไทด์ กลยุทธ์การเชื่อมต่อทางชีวภาพ (bioconjugation) และการสังเคราะห์วัสดุที่ได้จากเปปไทด์สำหรับการวิจัยทางการแพทย์ชีวภาพ ฟังก์ชันคู่ของมันทำให้เป็นหน่วยย่อยก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการสร้างโครงสร้างเปปไทด์ที่ซับซ้อน