Fmoc-S-3-amino-5-hexynic acid ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในการสร้างเปปไทด์ที่ต้องการโครงสร้างเฉพาะหรือการปรับเปลี่ยนทางเคมี เนื่องจากกลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ในโมเลกุลนี้ช่วยในการป้องกันกลุ่มอะมิโนในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ ทำให้สามารถควบคุมการเชื่อมต่อของกรดอะมิโนได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ กลุ่มอัลไคน์ (alkyne) ในโมเลกุลยังช่วยอำนวยความสะดวกในการทำปฏิกิริยา Click Chemistry ซึ่งเป็นเทคนิคที่สำคัญในการเชื่อมต่อโมเลกุลต่าง ๆ เข้าด้วยกันอย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้สารนี้มีประโยชน์ในการพัฒนายา การศึกษาโปรตีน และการสร้างวัสดุนาโน