Fmoc-d-pen(bzl)-oh เป็นสารเคมีที่ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในการใช้เป็นหน่วยสร้าง (building block) ในกระบวนการสังเคราะห์แบบของแข็ง (solid-phase peptide synthesis, SPPS) เนื่องจากมีกลุ่มป้องกัน Fmoc (9-fluorenylmethoxycarbonyl) ที่ช่วยในการควบคุมขั้นตอนการสังเคราะห์เปปไทด์อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในงานวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชวิทยา เพื่อพัฒนาสารประกอบใหม่ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาเปปไทด์หรือโมเลกุลที่ใช้ในการวินิจฉัยโรค เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายและมีความเข้ากันได้ดีกับระบบชีวภาพ อีกทั้งยังมีการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมเวชภัณฑ์ เพื่อผลิตสารตั้งต้นของยาหรือสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีความซับซ้อนสูง ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความแม่นยำในกระบวนการผลิตยา.